BM Labosis'e Hoşgeldiniz
Sepetiniz boş
25 Mayıs 2022
Çevresel ortamlarda bulunan ve büyük bileşen grubu olan mikroorganizmalar; hava, toprak, su gibi geniş yaşam alanlarının yanı sıra normal ve sıradışı ortam şartlarına da adapte olmuşlardır. Ortamla direkt ilişki içinde bulunurlar. Bu konudaki çalışmalar Microbial Ekoloji olarak adlandırılmaktadır. Çevresel mikrobiom, bitkiler ve diğer canlı grupları ile de oldukça fazla etkileşimdedir. Shotgun metagenomik dizilime, bir numunedeki tüm organizmalardan toplam genomik DNA hakkındaki analizdir. Mikroorganizmaların izolasyonu, ekimi veya hedef bölgelerin amplifikasyonu basamaklarına gerek olmadan analiz yapılabilir. Bu konu çok önemlidir, çünkü mikroorganizmaların yaklaşık %99'unun laboratuvarda kültüre edilemeyeceği düşünülmektedir. 16S/18S/ITS dizileme hedefli dizilemeden farklı olarak, shotgun metagenomik dizileme de (Topluluktaki her organizma sadece taksonomik olarak değil, aynı zamanda işlevsel profil, gen tahmini ve mikrobiyal etkileşim) yeni nesil dizileme kullanır.
Geniş deneyime ve iyi gelişmiş biyoinformatik altyapısına sahip olan ekibimiz çeşitli örneklerden mikroorganizmaların genomlarını, fonksiyonlarını ve varyasyonlarını belirlememize yardımcı olabilir. Shotgun metagenomik dizileme hizmeti, farklı araştırma hedeflerini karşılamak için yüksek kaliteli veriler, yayına hazır sonuçlar ayrıca kişiselleştirilmiş analizler de sunar.
Ekibimiz topluluk yapısı ve tür sınıflandırması çalışmasından; sistem evrimine, gen fonksiyonuna ve çevresel mikroorganizmaların metabolik ağına kadar kapsamlı metagenomik analizler sunmaktadır.
Mikroorganizmaların spesifik izolasyonu ve ekimi ve prokaryotlar veya ökaryotlar için hedef bölgelerin amplifikasyonu olmaksızın, birden fazla prokaryot ve ökaryot mikroorganizmasının (hepsi tek bir seferde) dizilenmesi yapılabilir. Dizileme sonuçları, yalnızca mikrobiyal çeşitlilik hakkında değil, aynı zamanda numunedeki fonksiyonel çeşitlilik hakkında da geniş bilgi sağlar. Ekibimiz müşterilerin toprak, dışkı ve su dahil olmak üzere birçok farklı numune türünü incelemelerine yardımcı olmak için metagenomik dizileme hizmetleri sağlama konusunda güçlü deneyime sahiptir. Taksonomi çözünürlüğünü ve fonksiyon ek açıklamasını daha iyi desteklemek için bazı bakteri ve mantarların tam bir haritasını bile elde etmek artık mümkün.
Dizileme verilerinin doğruluğunu ve güvenilirliğini korumak için prosedürün her aşamasında kalite kontrolü gerçekleştirilir. Her adım, yüksek kaliteli analiz sonuçları sağlamak için yüksek bir bilimsel standartla uyumlu olarak gerçekleştirilir. Shotgun metagenomik dizileme iş akışı numune hazırlama parçalanma ve kütüphane hazırlama, kütüphane kalite kontrolü, dizileme ve biyoinformatik analizinden dört ana aşamadan oluşur.
Effects of spaceflight on the composition and function of the human gut microbiota Gut MicrobesIssue Date: 2020 Jul 3IF: 7.740DOI: 10.1080/19490976.2019.1710091 Reference information Liu, Z., Luo, G., Du, R., Sun, W., Li, J., Lan, H., … & Liu, C. (2020). Effects of spaceflight on the composition and function of the human gut microbiota. Gut Microbes, 1-13. The chemodiversity of paddy soil dissolved organic matter correlates with microbial community at continental scales MicrobiomeIssue Date: 19 October 2018IF: 11.607DOI: 10.1186/s40168-018-0561-x Reference information Li, H. Y., Wang, H., Wang, H. T., Xin, P. Y., Xu, X. H., Ma, Y., … & Arnold, W. (2018). The chemodiversity of paddy soil dissolved organic matter correlates with microbial community at continental scales. Microbiome, 6(1), 1-16. Hypoxia induces senescence of bone marrow mesenchymal stem cells via altered gut microbiota Nature CommunicationsIssue Date: 2018 May 22IF: 12.121DOI: 10.1038/s41467-018-04453-9 Reference information Xing, J., Ying, Y., Mao, C., Liu, Y., Wang, T., Zhao, Q., … & Zhang, H. (2018). Hypoxia induces senescence of bone marrow mesenchymal stem cells via altered gut microbiota. Nature communications, 9(1), 1-13. Age-associated microbiome shows the giant panda lives on hemicelluloses, not on cellulose ISME JournalIssue Date: 01 February 2018IF: 9.180DOI: 10.1038/s41396-018-0051-y Reference information Zhang, W., Liu, W., Hou, R., Zhang, L., Schmitz-Esser, S., Sun, H., … & Yue, B. (2018). Age-associated microbiome shows the giant panda lives on hemicelluloses, not on cellulose. The ISME journal, 12(5), 1319-1328.