GeneMATRIX Hücre Kültürü DNA Saflaştırma Kiti
GeneMATRIX Cell Culture DNA Purification Kit, hayvan ve insan hücre kültürlerinden toplam DNA'nın (genomik ve mitokondriyal DNA) hızlı ve güvenilir bir şekilde saflaştırılması için geliştirilmiştir.
Saflaştırılan DNA aşağıdaki kirleticilerden arındırılmıştır:
- RNA
- Proteinler
- Lipitler (yağlar)
- Boyar maddeler
- Deterjanlar
- Enzimatik reaksiyonları inhibe eden organik bileşikler
- Tampon çözeltiler (buffer)
- Tuzlar
- İki değerlikli katyonlar (Ca²⁺, Mg²⁺ vb.)
- Diğer safsızlıklar
Bu sayede elde edilen DNA yüksek saflıkta olup, moleküler biyoloji uygulamalarında doğrudan kullanılabilecek kaliteye sahiptir.
Çalışma Prensibi
Hücre kültürü örneği, yüksek konsantrasyonda kaotropik iyonlar (chaotropic ions) içeren özel bir lizis tamponu ve Proteinase K varlığında parçalanır (lizis işlemi gerçekleştirilir).
Kaotropik iyonlar hücre zarını ve protein yapılarını bozarak hücrelerin etkin şekilde parçalanmasını sağlarken, Proteinase K hücresel proteinleri enzimatik olarak parçalar. Bu işlem sırasında:
- Hücresel proteinler sindirilir.
- DNA'ya bağlı proteinler uzaklaştırılır.
- DNA'yı parçalayabilecek nükleaz enzimleri etkisiz hale getirilerek DNA'nın bütünlüğü korunur.
Lizis tamamlandıktan sonra örneğe etanol ilave edilir. Etanol, DNA'nın GeneMATRIX silika membranına seçici olarak bağlanması için gerekli kimyasal ortamı oluşturur.
Hazırlanan karışım spin kolona aktarıldığında ve kısa süre santrifüj edildiğinde:
- DNA, kolon içerisindeki silika membrana bağlanır.
- Proteinler, RNA kalıntıları, hücresel artıklar ve diğer kirleticiler kolondan geçerek uzaklaştırılır.
Membran üzerinde kalabilecek eser miktardaki kirleticiler iki ardışık yıkama adımı ile etkin şekilde temizlenir. Bu yıkama işlemleri sonucunda;
- Protein kalıntıları,
- Tuzlar,
- Deterjanlar,
- Organik bileşikler,
- Enzim inhibitörleri
membrandan uzaklaştırılır.
Son aşamada yüksek saflıkta DNA, düşük iyonik kuvvete sahip bir elüsyon tamponu kullanılarak membrandan ayrılır. Elüsyon için aşağıdaki çözeltiler kullanılabilir:
- Tris-HCl tamponu
- TE Tamponu (Tris-EDTA)
- Nükleaz içermeyen saf su
Elde edilen DNA, herhangi bir etanol çöktürme (ethanol precipitation) işlemine gerek kalmaksızın doğrudan sonraki moleküler biyoloji uygulamalarında kullanılmaya hazırdır.
Kullanım Alanları
Saflaştırılan DNA aşağıdaki uygulamalarda doğrudan kullanılabilir:
- PCR
- Gerçek Zamanlı PCR (Real-Time PCR / qPCR)
- Multiplex PCR
- Long PCR
- Restriksiyon enzim analizleri
- DNA dizileme (Sanger Sequencing)
- Yeni Nesil Dizileme (NGS)
- SNP ve mutasyon analizleri
- Genotipleme çalışmaları
- Klonlama
- Southern blot analizleri
- Hücre kültürü tabanlı genetik araştırmalar
- Transfeksiyon sonrası DNA analizleri
- Rutin moleküler biyoloji ve biyomedikal araştırmalar
GeneMATRIX Hücre Kültürü DNA Saflaştırma Kiti, hücre kültürlerinden yüksek verim ve yüksek saflıkta DNA izolasyonu sağlayarak güvenilir ve tekrarlanabilir sonuçlar elde edilmesine olanak tanır.